本局斗六總局與財政部中區國稅局雲林分局合署辦公，使用樓層為1樓、2樓、4樓及5樓，各樓層科室分布及位置如下：
一樓科室:消費稅科、土地稅科、茶水間、民眾休憩小站、納稅服務科、房屋稅科、值日室、男女廁所、總收文、檔案室、行政科一股、哺集乳室、行政科科長、協談室、總機房
二樓科室:會計室、政風室、法務科、審核室、納稅者權利保護官、人事室、男女廁所、秘書室、局長室、第一會議室、男女廁所、第二會議室、行政科二股、副局長室
五樓科室:研究教室、資料倉庫、禮堂、舞台、男女廁所、國稅局檔案室及檔案閱覽室、康樂室、男女廁所、平台、資料倉庫
本局虎尾分局與財政部中區國稅局虎尾稽徵所合署辦公，使用樓層為1樓、2樓及3樓，各樓層科室分布及位置如下：
一樓科室：第三股(土地增值稅、工程受益費、印花稅)，服務台，全功能服務櫃檯，民眾休息區，男女廁所
二樓科室：第一股(房屋稅、契稅)，第二股(地價稅、田賦、娛樂稅、納稅服務)，男女廁所
三樓科室：協談室，備援室，檔案室，國稅稽徵業務，倉庫，男女廁所
本局北港分局各樓層科室分布及位置如下：
一樓科室：第一股(房屋稅、契稅)，第二股(地價稅、娛樂稅)，服務台，全功能服務櫃檯，雲林縣政府北港聯合辦公處，男女廁所
二樓科室：第二股(登錄室、磁帶室)，第三股(土地增值稅、印花稅、納稅服務、一般行政)，主任室，會議室，倉庫，男女廁所
三樓科室:禮堂，倉庫，男女廁所
