本局自局長下設副局長及秘書各1人，設有房屋稅科、土地稅科、消費稅科、納稅服務科、法務科、資訊科等6個業務科，行政科、會計室、人事室、政風室等4個行政單位及虎尾、北港等2個分局。
局長
承縣長之命，兼受財政部賦稅署之指揮監督，綜理局務，並指揮監督所屬員工
副局長
襄理局務、出席各項會議
秘書
襄理局務、業務協調
審核員
各項稅捐業務檢查
房屋稅科
土地稅科
- 第一股：地價稅、田賦稽徵
- 第二股：土地增值稅、工程受益費
消費稅科
- 第一股：使用牌照稅稽徵
- 第二股：娛樂稅、印花稅、特別稅、地方稅檢舉業務
資訊科
- 第一股：作業管制、稅款劃解、退稅處理
- 第二股：系統執行
- 第三股：機器操作、資訊安全及個人資料保護
法務科
- 第一股：違章審理
- 第二股：行政救濟、國家賠償
- 第三股：欠稅執行
納稅服務科
- 第一股：納稅服務、管制考核
- 第二股：租稅宣導、租稅教育
虎尾分局
服務區：虎尾鎮、土庫鎮、二崙鄉、崙背鄉、褒忠鄉、東勢鄉、麥寮鄉、台西鄉
- 第一股：房屋稅稽徵、契稅稽徵、文書及檔案管理
- 第二股：地價稅、田賦、娛樂稅、納稅服務
- 第三股：土地增值稅、工程受益費、印花稅等稽徵、事務管理及出納
北港分局
服務區：北港鎮、元長鄉、水林鄉、口湖鄉、四湖鄉
- 第一股：房屋稅稽徵、契稅稽徵、文書及檔案管理
- 第二股：地價稅、田賦、娛樂稅、納稅服務
- 第三股：土地增值稅、工程受益費、印花稅等稽徵、事務管理及出納
行政科
人事室
辦理編制、任免、銓敘、陞遷、獎懲、考核、訓練、退休、保險、福利
政風室
辦理政風法令宣導、稅務風紀、檢舉案件之處理
會計室
辦理經費會計、徵課及稅捐統計