農地移轉給自然人時，如果作農業使用，並經公所核發農業用地作農業使用證明書，可向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅。但有民眾符合上述要件，卻被課徵土地增值稅，不知是何緣故？
雲林縣稅務局說明，除了農地未作農業使用及移轉對象非屬自然人這二種狀況，農地會被課徵土地增值稅之外，另就針對經核准不課徵土地增值稅的農地，將依農業發展條例第40條規定加以列管，並由農業主管機關及稅捐機關會同定期檢查或抽查。如果曾被查獲土地未作農業使用且未在規定期限內恢復農用，或者在規定期限內已恢復作農用而再有第2次未作農業使用情事時，日後要再移轉這筆曾有違規紀錄的農地時，縱使移轉時已恢復農用，也取得農地農用證明，依農業發展條例第37條規定仍應課徵土地增值稅。
稅務局提醒民眾，農地清查後如果發現有未作農業使用者，農業單位會通知土地所有權人限期恢復農用，收到通知的民眾務必於限定期限內恢復農用，並注意不能再有未作農業使用的情形，否則將來再移轉時將增加土地增值稅的負擔。