繼承人若是持遺產分割協議書向主管機關申請物權登記，就分割不動產部分，係依協議書「成立時」的土地公告現值及房屋現值，以1‰稅率來計算印花稅額，而非繼承原因發生當時的價值。舉例來說，若遺產分割協議書之書立日期與被繼承人死亡日期，非屬同一年度，有可能因每年度土地公告現值及房屋現值之調整，而不等同於遺產稅免稅(繳清)證明書所列示之核定價額。需重行計算擬分割繼承之財產價值後，再予以計算印花稅額；另未辦理保存登記的房屋，因無法向物權登記機關辦理變更登記，毋需列入計算印花稅額。