雲林縣稅務局表示，土地重劃後，土地所有權人實際獲分配之土地有增配者，增配部分於申報移轉現值（土地增值稅）計算漲價總數額時，不可扣除土地所有權人負擔之重劃費用。 
該局進一步說明，依平均地權條例第60條之1第2項規定：「……實際分配之土地面積多於應分配之面積者，應繳納差額地價……」，增配之土地實際上係重劃後分配時，另行繳納差額地價方式取得之土地，與土地所有權人以其所有土地參與重劃致負擔重劃費用之性質不同，故取得該增配土地再移轉時，不可扣除負擔之重劃費用。 
該局補充，雖增配之土地再移轉時不可扣除重劃費用，但依平均地權條例第62條之規定，視為土地所有權人原有之土地，故屬重劃後第1次移轉，可減徵土地增值稅40%。