雲林縣稅務局表示，土地所有權人為改良土地已支付之全部費用，例如已繳納之工程受益費或土地重劃費用，於申報土地增值稅時，可提出相關證明，自核定之移轉現值中減除，以減除後餘額為漲價總數額計算應納稅額。 
該局進一步說明，以經過重劃之土地為例，於重劃後第一次移轉時，可持憑土地所有權人繳納重劃費用證明書，申請自土地漲價總數額中扣除，但如果只是部分移轉（分批移轉），則其已繳納之重劃費用應按整筆土地面積平均分攤，再依實際移轉部分之面積比例計算扣除。又若是移轉部分之土地按比例計算所分負擔之重劃費用超過未扣除費用前之土地自然漲價數時，其超過部分之重劃費用不得遞移至其餘土地扣除。