雲林縣稅務局表示：民眾常將使用牌照稅與汽車燃料使用費混為一談，實際上兩者並不相同，使用牌照稅是地方稅的一種，由各縣市地方稅捐稽徵機關負責徵收，徵收目的在支應地方政府一般性財政需求；汽車燃料使用費則是使用規費的一種，由公路監理機關負責代為徵收，汽車燃料使用費之計徵係基於使用者付費之原則且收入專用於公路養護、修建及安全管理，二者性質及徵收目的不同，而且也沒有所謂雙重課稅的問題。 
該局另說明，民眾知道車輛需要繳納使用牌照稅與汽車燃料使用費，但當其有疑問時，卻常常問錯機關。使用牌照稅主管機關為各地稅捐稽徵機關，例如車籍在雲林縣的車輛，該局為稽徵機關，目前並委託監理機關代徵；而汽車燃料使用費是規費，其主管機關為交通部所屬之各地監理機關，而車籍在雲林縣的車輛，其主管機關即為雲林監理站。 
該局提醒民眾注意，每年都必須要繳納使用牌照稅與汽車燃料使用費。自用車輛使用牌照稅之繳納期間為每年4月；汽車燃料使用費則是每年7月繳納。兩者除了主管機關不同外，繳納期間也不同，如您對使用牌照稅與汽車燃料使用費有任何相關問題或不明瞭的地方，可向該局5323941或雲林監理站5335892電話查詢。