雲林縣稅務局表示，農業用地被法院拍賣，如經查明拍定時土地之使用情形並不符作農業使用規定，係嗣經改善後才取得農業主管機關核發農業用地作農業使用證明書進而提出申請農地農用移轉不課徵土地增值稅，仍應課徵土地增值稅。 
依土地稅法第39條之2第1項規定申請不課徵土地增值稅，應以移轉時確作農業使用為要件，倘於移轉時（即法院拍定時）不符合作農業使用規定，該次拍定移轉就沒有不課徵之適用。 
稅務局提醒您，農業用地經法院拍定，稅捐稽徵機關接獲法院來函時，會先按一般用地稅率核算應課徵之土地增值稅回報給法院代為扣繳，並發函通知義務人（原所有權人）及權利人（新所有權人），若被拍賣土地符合農地農用不課徵土地增值稅之要件者，應於收到稅捐稽徵機關通知函之次日起30日內提出申請，逾期不得申請。