雲林縣稅務局表示：依土地稅法第39條之2規定，不課徵土地增值稅之農地承受人於持有土地期間內，若經有關機關查獲違規使用並通知限期恢復作農用，如未於所規定之限期內恢復作農用，或雖在限期內恢復作農用再被查獲未作農業使用，於再移轉時應課徵土地增值稅，不得適用不課徵土地增值稅之規定。  
進一步說明，如有農地經查獲違規使用者，務必於裁處書或通知違規處分函所令限期內恢復農用，並保留已於限期內恢復農用相關之證明文件（例如：主管機關查復已恢復農用、農業用地作農業使用證明書等），又已依限恢復農用後切勿再次違規使用，否則將影響自身租稅之負擔。